De monumentale orgelkast in de Westerkerk dateert uit 1549 en wordt toegeschreven aan Adriaan Schalken. Algemeen wordt aangenomen dat het orgel door Hendrik Niehoff vervaardigd werd. Helaas zijn geen specificaties van dit instrument bekend. In 1683 bouwde Roelof Barentsz. Duyschot een nieuw instrument in de bestaande orgelkast. Van dit orgel is de dispositie bekend. De frontpijpen zijn bovendien bewaard gebleven.
In 1899 werd het gehele binnenwerk van het orgel door een nieuw pneumatisch instrument van Daniël Gerard Steenkuyl. Om het nieuwe instrument in de orgelkast te kunnen plaatsen werden balken van de kastconstructie doorgezaagd. Dit leidde uiteindelijk tot stabiliteitsproblemen en verzakkingen van het meubel. In 2010 besloot men daarom het Steenkuyl-orgel te demonteren en werd de orgelkast door de fa. Flentrop gerestaureerd.

In 2018 heeft de stichting Westerkerk het plan opgevat om de lege orgelkast van een nieuw passend binnenwerk te voorzien. Daarop werden drie orgelmakers uitgenodigd een voorstel uit te werken. Er werd bewust van een reconstructie van de situatie Niehoff dan wel Duyschot afgezien; anderzijds was het evident dat bij de bouw van een nieuw instrument rekening gehouden zou moeten worden met de historische orgelkast en de uit 1687 daterende frontpijpen.

De ervaringen met historische instrumenten waren een bron van inspiratie om – binnen een coherent concept – tot een breed inzetbaar orgel te komen. Omdat een aantal Duyschot-pijpen verworven konden worden is het logisch dat aansluiting werd gezocht bij orgels uit de ‘Hollandse school’. Wat de technische aanleg betreft is consequent voor de toepassing van klassieke materialen gekozen, maar werden een aantal inventieve ideeën toegepast (wisselslepen, transmissies, aanleg pedaal). Om het risico van loodoxidatie te beperken werd in plaats van eikenhout voor de toepassing van hemlock en grenenhout geopteerd.

Met het oog op de financiering van het project werd tot een gefaseerde uitvoering van het werk besloten. Op 16 oktober 2021- 400 jaar na het overlijden van Jan Pieterszoon Sweelinck – werd het Bovenwerk feestelijk in gebruik genomen. Zomer 2024 waren Hoofdwerk en Pedaal gereed. Met de realisatie van het Rugwerk, gepland in juni 2026, zal het project voltooid zijn. Bij de bouw van het orgel is Theo Jellema als adviseur betrokken.