Het orgel dat zich nu in de Zuiderkapel van de Stevenskerk bevindt, is door de Leidse orgelmaker Pieter Assendelft (1714-1766) vervaardigd. Deze orgelmaker heeft een aantal kleinere orgels voor schuilkerken vervaardigd, maar dit orgel lijkt als huisorgel gebouwd te zijn. Na omzwervingen in o.m. ’s Hertogenbosch en Ommeren werd het in 1966 aangekocht t.b.v. plaatsing in de Zuiderkapel van de Stevenskerk. Het orgel had toen al diverse wijzigingen ondergaan en bovendien was de orgelkast ingekort. In 1967/1968 werd het orgel gerestaureerd door de fa. De Koff (Utrecht).

Enkele jaren geleden bleken omvangrijkere instandhoudingswerkzaamheden noodzakelijk. Dat was aanleiding voor een grondig onderzoek naar de oorspronkelijke technische aanleg, de klank en het meubel van het instrument. Op basis van een restauratierapport van Rogér van Dijk werd de restauratie door orgelmakerscollectief Elbertse, Van Vulpen & Verschueren uitgevoerd. Dit collectief is immers geselecteerd om de restauratie van het König-orgel uit te gaan voeren; de restauratie van het Assendelft loopt daarop vooruit. De betrokken orgelmakers hebben bovendien ervaring met de restauratie van Assendelft-orgels (o.m. Ittervoort, Nootdorp, Sittard).

De stijlen, panelen en deuren van de orgelkast zijn verlengd waarbij de proporties en afmetingen gebaseerd zijn op het nauw verwante orgel dat zich in de Margarethakerk in Ittervoort bevindt.
De frontpijpen van de middentoren werden verlengd en de tussenvelden werden gedeeld. De pijpjes in de bovenste tussenvelden werden bijgemaakt.

Ontbrekend snijwerk, waaronder de consoles onder zijtorens en de bekroning bovenop de middentoren, werden door Gert van den Dikkenberg gesneden. De orgelkast werd opnieuw geschilderd door de fa. Wolters Ovink uit Deventer. Deze firma  verzorgde ook het vergulden van de ornamenten.

De windlade werd integraal gerestaureerd. Het cancellenraam is uit een massief blok gemaakt; de cancellen zijn daarin uitgekapt. Het leer van de pulpeten werd vervangen en de in 1968 aangebrachte dichtingsringen werden vervangen door nieuwe exemplaren van liegelindt. De historische pijpstokken en pijproosters werden hersteld, nieuwe in stijl bijgemaakt.

De windvoorziening werd vervangen: Er werd een nieuwe meervouwige spaanbalg vervaardigd naar model van het historische exemplaar in het Keerman-orgel uit Lathum. Deze blaasbalg wordt met een ventilator van wind voorzien, maar kan ook met een voetpompinstallatie gevuld worden. De windkanalen zijn net als de conducten nieuw vervaardigd.

Het wellenbord (met messing walsjes) is nagezien en waar nodig hersteld, de historische onderdelen van de registermechaniek zijn hersteld; de nieuwe onderdelen werden vervaardigd in functie van dispositieherstel.
Het historische klavier werd schoongemaakt en nagezien: overmatige speling werd verholpen. Het hout van de bakstukken, klavierlijsten, etc. werd opgewerkt en met schellak behandeld. Naar analogie zijn ook de registerknoppen en het nieuwe bankje van notenhout gemaakt. Het model van de registerknoppen is afgeleid van het historische voorbeeld in Nootdorp.

In het kader van toonhoogteherstel moesten alle metalen pijpen verlengd worden. Het uit de 19^de eeuw daterende houten pijpwerk (bas Holpijp 8’ en Fluit 4’) werd vervangen door nieuw naar voorbeeld van andere Assendelft-orgels. De Sexqualter en de Prestant 8’ (disc) werden geheel nieuw vervaardigd. De mensuren van ontbrekende pijpen werd afgeleid van die van referentie-orgels (o.m. Sittard en Ittervoort).
Alle pijpen zijn uit orgelmetaal met een zeer hoog loodgehalte vervaardigd. Gelukkig was er nauwelijks sprake van loodoxidatie. De frontpijpen zijn met tinfolie bekleed en de labiums zijn verguld met bladgoud.