Het orgel werd in eerste aanleg in 1641-43 door Willem Deaken gebouwd. In 1711 werd het binnenwerk voor een belangrijk deel vernieuwd door Jacob Cools. Daarbij onderging de orgelkas enkele wijzigingen, werden nieuwe luiken aangebracht en werd het instrument op de huidige plaats – in de absis van de kerk – opgesteld. De luiken werden beschilderd door Abraham Büsschop. Het instrument onderging wijzigingen door o.m. Jacob François Moreau, Cornelis van Oeckelen en Christiaan Stulting. Van totaal andere aard was de vervanging van het binnenwerk die door Jacob van den Bijlaardt in 1909 werd uitgevoerd.

Het orgel kreeg een nieuwe pneumatische tractuur en uit het oude orgel werden slechts enkele pijpenreeksen in het nieuwe orgel geïntegreerd. 1930 werd door de fa. Dekker de tractuur geëlektrificeerd en een register toegevoegd. In 1962 werden plannen uitgewerkt om het binnenwerk te vervangen door een nieuw orgel volgens de toen geldende principes van de Neo-barok.

Een dispositieontwerp van de fa. Marcussen omvatte 46 registers, maar bij de bouw in 1968 werd het aantal registers om financiële redenen tot 39 beperkt. Enkele historische registers werden in het nieuwe concept opgenomen. In 1980 werd het Echowerk van het orgel van zweldeuren voorzien en in 1982 werd dit werk met vier registers uitgebreid (twee strijkers, Fagot 16’, Trompet 4’) door de fa. BAG uit Enschede. In 2013 werden de beschilderingen op de luiken van het orgel gerestaureerd begin 2014 volgde de schoonmaak en revisie van het orgel. De werkzaamheden aan het instrument omvatten een integrale schoonmaak, verder werden de klavieren gereviseerd: overmatige speling werd verholpen en het toetsbeleg van het Hoofdwerkklavier werd vernieuwd.

Het pijpwerk van diverse oude registers was door loodcorrosie aangetast. Het bleek onvermijdelijk om een aanzienlijk aantal voetpunten van m.n. frontpijpen en Roerfluit 8 (RW) te vervangen. De frontpijpen werden van nieuwe tinfolie voorzien. Enkele verzakte bekers van de Bazuin 16’ zijn hersteld en van een betere ophanging / ondersteuning voorzien.

De klankgeving werd, vanwege het coherente en overtuigende concept, gerespecteerd. De intonatie beperkte zich tot het controleren en egaliseren. Alleen ten aanzien van de strijkers is meer ‘kleur’ en ‘karakter’ nagestreefd.